Le Secrétariat Général de l'Enseignement Catholique a une mission pastorale, éducative, pédagogique et administrative d'animation et de coordination au sein de l'enseignement catholique, ainsi qu'un rôle de promotion et de représentation auprès des pouvoirs publics. Il est en lien avec les organismes et les responsables de l’enseignement catholique (direction diocésaine de l’enseignement catholique).